10X Genomics

Overview

10X Genomics는 가장 최신 유전체 분야의 다양한 요구에 부합하는 모든
genomics tool 들을 단일 시스템으로 제공합니다.

Single Cell Gene expression

Chromium Single Cell Gene Expression Solution은 수 백에서 수만 개의 세포를 대상으로 세포 특성 분석 및 유전자 발현 프로파일링을 위한 포괄적이고 확장 가능한 솔루션을 제공합니다. 최근 기술 진보를 통해 이전보다 향상된 세포당 unique transcript를 detection 할 수 있게 되었습니다.

Feature Barcoding 기술이 새로이 접목되면서, 세포 특이적인 CRISPR-mediated perturbations 의 식별과 함께, 동일 세포에서 cell surface protein expression과 gene expression 정보를 동시에 측정할 있게 되는 등 분자수준에서 완전한 판독 정보를 얻을 수 있습니다. 또한 추가적인 feature type 추가의 가능성 면에서 제한이 없습니다.

Chromium 기술은 전통적인 유전자 발현 분석을 뛰어 넘어 Cell populations, Cell type, Cell states 등 세포 별 분석에 기초한 광범위한 연구를 가능케 하고 있으며, 그 적용점은 Tumor heterogenity와 stem cell composition 으로 부터 dissecting neuronal population 까지 다양합니다. Chromium Single Cell Gene Expression Solution은 단일 세포로 부터 complexity library 제작을 위한 최적의 solution과 함께 Turnkey Software를 제공함으로써 어떤 샘플 유형이든 그에 대한 통찰력을 극대화할 수 있습니다.

Identify and characterize rare cell types
Analyze and understand cellular heterogeneity and how this contributes to your biological system
Perform cellular phenotyping with single cell RNA-seq to identify novel targets, biomarkers, and cell types and states without the need for pre-selected targets
Evaluate mRNA and cell surface protein expression profiles within the same cell
Perform high-throughput and high-resolution functional genetic screens in tens of thousands of cells simultaneously
Assess comprehensive gene expression phenotypes for individual CRISPR perturbations

Feature

  • Partition 100 – 80,000+ cells efficiently
  • Superior sensitivity and cell capture rate up to 65%
  • Simple workflow
  • Cell size flexibility, no lower limits
  • Low doublet rates of under 0.9% in 1,000 cells
    Available with Next GEM technology

Workflow

Capabilities for multiomic readouts

Feature Barcoding Technology: Cell Surface Protein

CITE-Seq과 REAP-Seq 과 같이 최근 publish된 method를 효과적으로 구현함. 동일한 세포에서 유전자와 세포단백질 발현을 모두 측정하여 protein isoforms 의 확인 및 low abundance transcriopts에 대한 단백질 탐지 , phenotypic specificity 향상 가능

Feature Barcoding Technology: CRISPR Screening

Cellular transcrit와 CRISPR-medicated perturbations 확인이 가능하며. 수백~수만개의 단일세포에서 동시에 high throughput과 과 확장성을 요구하는 functional genetic screen을 위해 활용됨

Single Cell Immune Profiling

Chromium immune profiing solution은 마우스와 인간으로 부터 유래된 수백에서 수만 개의 T 세포 및 B 세포를 cell by cell 수준에서 adaptive immune response와 immune repertoires를 세포적 맥락에서 연구하기 위한 포괄적 접근tool입니다. 여기에  Feature Barcoding 기술을 추가하면, 세포표면 마커와 항원 특이성과 같은 추가적인 세포 판독 정보를 탐지하여 이를 분석할 수 있으므로 immune cell phenotyping을 개선하고 림프구와 표적 세포 사이의 동적 상호 작용을 연구하는 것이 가능합니다.

간단한 워크 플로우만으로 샘플에서 라이브러리 준비, 시퀀싱 및 소프트웨어 분석이 가능하며 T 및 B 세포 다양성, V (D) J 재조합 및 면역 세포 프로파일 링에 대한 다앙한 정보를 생산할 수 있습니다.

Immune profiling과 Feature barcoding solution은 특히 면역학 및 면역 종양학 연구뿐아니라 감염병 연구 등 다양한 연구에 있어 adaptive immune system를 이해를 위한 기술로서 면역분야 연구의 가속화에 기여할 것입니다.

Reveal clonality, diversity, antigen specificity, and cellular context
Assemble and annotate full-length V(D)J gene sequences
Pair α and β chain TCR sequences from individual T cells
Pair heavy and light chain immunoglobulin (Ig) sequences from individual B cells with full isotype resolution
Simultaneously measure TCR, B cell Ig, cell surface protein expression, and 5’ gene expression in the same cells
Link full-length, paired TCR α and β chain sequences with TCR-pMHC specificity
Simultaneously measure cell surface protein expression with gene expression

Feature

  • Partition 100 – 80,000+ cells efficiently
  • Superior sensitivity
  • Simple workflow
  • Cell size flexibility, no lower limits
  • Highest cell capture rates of up to 65%
  • Low doublet rates of under 0.9% in 1,000 cells
  • Available with Next GEM technology

Workflow

Capabilities for multiomic readouts

Immune Repertoire & Gene Expression Profiling

By simultaneously characterizing highly diverse repertoires of T-cell and B-cell antigen receptors alongside cellular gene expression, the true complexity of the immune response can be revealed. Use this approach in human or mouse samples to accelerate new insights into the adaptive immune response and beyond.

Feature Barcoding Technology: Cell Surface Protein

Feature Barcoding technology allows you to seamlessly combine cell surface protein expression measurements with immune repertoire and gene expression measurements from the same single cell. Use this to measure both gene and cell surface protein expression in the same cell to identify protein isoforms, detect protein for low abundance transcripts, and further increase phenotypic specificity.

Feature Barcoding Technology: Antigen Specificity

Use Feature Barcoding technology to determine antigen specificity of single T cells with Feature Barcode peptide-MHC multimers to study the dynamic interactions between lymphocytes and antigens. Unveil a new understanding of the adaptive immune response in hundreds to tens of thousands of lymphocytes.

Single Cell ATAC <Chromatin Accessibility>

이제 10X Genomics Chromium 시스템을 통해 Epigenome 정보를 단일세포 단위에서 연구할 수 있습니다. Chromium Single Cell ATAC Seq 을 이용하여 수 만개의 단일세포의 chromatin profiling 정보에 대한 고퀄리티의 동시비교분석이 가능하며, chromatin compaction과 DNA결합 단백질이 어떻게 유전자 발현을 조절하는지에 대한 고해상도 분석에 활용될 수 있습니다.

다른 application과 동일하게 10X Chromium의 Single Cell ATAC 솔루션은 단일 세포의 유전자 조절 네트워크를 정밀 분석하기위한 직관적 인 소프트웨어 및 시각화 도구가 함께 제공되고 있습니다.

Discover cellular heterogeneity stemming from epigenetic variability
Better understand the gene regulatory networks that are upstream of gene expression
Define cell types and states for lineage and developmental program tracing
Accelerate biomarker discovery

Feature

  • Detect open chromatin regions in single cells with enriched signals in Transcription Start Sites (TSS) and regulatory regions
  • Profile 500 to 10,000 nuclei per channel with our scalable, high-throughput solution
  • Recover up to 65% of nuclei loaded on chips
  • Investigate cell lines, primary cells, fresh, and cryopreserved samples with confidence
  • Analyze your single cell epigenetic data with our turnkey analysis software and interactive visualization tools
  • Available with Next GEM technology

Workflow

Video

Single Cell ATAC-seq

Single Cell Multiome ATAC + Gene Expression

단일세포 단위에서 chromatin 및 transcriptome profiling 정보를 동시에 얻을 수 있으며, 두 데이터 간의 상관관계를 분석하여 모든 세포에 대한 cell type, cell states과 유전자 조절 메커니즘을 더욱 심층적으로 연구할 수 있습니다.

Deeper characterization of cell types and states
Discover new gene regulatory interactions
Make the most of your precious samples
Explore disease complexity

Workflow

Video

Unify the Transcriptome and Epigenome in Every Cell

Visium Spatial Gene Expression with Immunofluorescence

10X Genomics를 통해 제공되는 Visium Spatial Gene Expression 은 Tissue의 위치 정보를 가진 유전자 발현을 분석할 수 있는 기술이며, 이제 immunofluorescence 기술도 적용할 수 있습니다. 따라서, 한번의 실험으로 intact한 Tissue section의 전체 부위를 대상으로 High-throughput mRNA sequencing 분석과 protein detection을 동시에 하여, tissue에 대해 보다 심층적으로 이해할 수 있는 최신 기술입니다.

Gain a complete view of disease complexity
Discover new biomarkers and identify novel cell types and states
Map the spatial organization of cell atlases
Identify spatiotemporal gene expression patterns

Workflow

Visium Spatial Gene Expression

Visium Spatial Gene Expression with immunofluorescence

Immunefluorescence

Protein Co-Detection

Immunofluorescence와 위치 정보를 가진 유전자 발현 정보를 결합하여 새로운 세포유형과 공간적 조직 정보를 발견할 수 있습니다.

Targeted Spatial Gene Expression

Targeted panel을 통해 tissue 샘플에서 관심있는 유전자에 대해 집중적으로 분석할 수 있습니다.

Video

Learn More About the Visium Spatial Gene Expression Solution

Targeted Gene Expression

10x Genomics에서 제공하는 Targeted Panel은 단일세포 또는 tissue에서 원하는 gene set에 대한 유전자 발현 분석이 가능한 기술입니다. Pan-Cancer, Immunology, Gene signature 그리고 Neuroscience 각 분야에서 많이 사용하는 gene set으로 이루어진 pre-designed panel과 원하는 gene으로 customization 할 수 있는 custom panel을 제공하고 있어, 절감된 비용으로 유전자 발현 분석 연구를 할 수 있습니다.

Accelerate translational research
Scale cellular screening
Refine discoveries
Validate biomarkers and drug targets

Panel Options

Pre-designed Panels

각 panel에는 최근 논문들과 전문가들로부터 검증된 1,000개 이상의 probe로 구성되어 있습니다.

Human Pan-Cancer Panel

Human Pan-Cancer Panel

Human Pan-Cancer Panel

Add on to Pre-designed Panels

Customize pre-designed panels and add up to 200 additional genes with the 10x Genomics Custom Panel Designer. Or, if you already have a specific set of genes you want to analyze, you can create those panel designs from scratch.

Create Fully Custom Panels

If you’d like to start from scratch and tackle a different research area altogether, or you have a specific set of genes you want to analyze, the Custom Panel Designer will create those designs and help you get started.

Chromium Controller

Chromium Controller는 짧은 시간안에 약 8만개 이상의 단일세포를 바코드된 파티션으로 나누는 하드웨어로 10x Genomcis에서 제공하는 모든 Chromium single cell solution을 적용할 수 있게 제공합니다.

Product features

High-throughput analysis

Microfluidic 기반의 독자적인 Next GEM 기술을 이용한 high-throughput 분석 플랫폼으로 20분 안에 8개의 샘플을 분석할 수 있습니다.

Small footprint instrument

약 0.09 m2의 작은 크기의 기기로 모든 실험실에서 공간에 제한없이 쉽게 설치하여 사용할 수 있습니다.

Compatible Solutions

Single Cell Solutions

Chromium Connect

재현성 있는 Chromium Connect는 단일세포 수준으로 바코딩하는 과정부터 라이브러리 제작까지 최적화된 자동화 workflow로 이루어져, 대량의 single cell sequencing 결과를 얻을 수 있는 자동화 기기입니다. 자동화 시스템은 기존 단일세포 분석의 효율을 극대화하여 여러분의 연구의 가속화에 기여할 것입니다.

Product features

Generate Consistent Results

Reduce single cell data variability

Maximize Lab Productivity

Go from cells to sequencing-ready libraries

Integrated and Validated

Cell partitioning, barcoding, and library prep

Chromium Single Cell Updates - 3' CellPlex

3' CellPlex는 multiplexing gene expression 연구에 적합한 솔루션입니다. Standard single cell gene expression을 사용하여 한 rxn으로 한 종류의 유전자 발현 프로파일링을 얻으셨다면, CellPlex 솔루션은 한 rxn 당 여러 시료를 multiplexing으로 분석할 수 있습니다.

3’ CellPlex를 이용하여 다음과 같은 연구를 하실 수 있습니다.

Multiplex up to 12 samples per channel to increase sample throughput and reduce cost per sample
Capture up to 30,000 cells per channel to increase statistical power and resolve new cell types, subsets, and states
Leverage one solution for all samples, CellPlex is compatible across species and can be used with both cells and nuclei
Implement with confidence, relying on validated reagents, fully supported protocols, and integrated analysis software for robust multiplexing workflows in any study

Chromium Single Cell LT Gene Expression

Chromium Single Cell Low Throughput(LT) Gene Expression은 파일럿 테스트용으로 소량의 single cell을 이용하여 신속하게 데이터를 보고자 하는 분들이나, 처음 single cell 연구를 하고자 하는 분들 및 경제적인 비용으로 최적의 실험조건을 셋팅하고자 하는 분들께 권합니다.

Chromium Single Cell LT Gene Expression를 이용하여 다음과 같은 연구를 하실 수 있습니다.

Generate high-quality data for 100 to 1000 cells at a significantly lower up front cost
Optimize experimental conditions to maximize the success of your studies
Discover the most affordable and reliable way to get started with single cell gene expression using a proven technology

Selection Guide for Single Cell Gene Expression

Single Cell Gene Expression LT

  • Identify common cell types and explore their gene expression patterns
  • Evaluate predominantly impacted pathways within cell types

Single Cell Gene Expression

  • Get the most out of precious samples
  • Identify rare cell populations
  • Deeply explore cell subpopulations and states

CellPlex

  • Larger CRISPR screens
  • Multi-condition/timepoint
  • Multi-region disease studies
  • Cohort translational studies

Certified Service Providers(CSP)

10x Genomics에서는 빠르고 효율적으로 Single Cell 연구를 도와 드리기 위해 Certified Service Provider Program을 운영하고 있습니다. 10x Genomics에서 인증한 CSP는 고도로 숙련된 연구진들로 구성되었으며, sample prep에서 라이브러리 구축 및 데이터 분석에 이르기까지 다양한 솔루션을 제공합니다.

DNA Link, Inc.

Geninus

Macrogen

다온비에스는 당신의 연구에 적합한 솔루션을 제공합니다.