10X Genomics

Overview

10X Genomics는 가장 최신 유전체 분야의 다양한 요구에 부합하는 모든
genomics tool 들을 단일 시스템으로 제공합니다.

Single Cell Gene expression

Chromium Single Cell Gene Expression Solution은 수 백에서 수만 개의 세포를 대상으로 세포 특성 분석 및 유전자 발현 프로파일링을 위한 포괄적이고 확장 가능한 솔루션을 제공합니다. 최근 기술 진보를 통해 이전보다 향상된 세포당 unique transcript를 detection 할 수 있게 되었습니다.

Feature Barcoding 기술이 새로이 접목되면서, 세포 특이적인 CRISPR-mediated perturbations 의 식별과 함께, 동일 세포에서 cell surface protein expression과 gene expression 정보를 동시에 측정할 있게 되는 등 분자수준에서 완전한 판독 정보를 얻을 수 있습니다. 또한 추가적인 feature type 추가의 가능성 면에서 제한이 없습니다.

Chromium 기술은 전통적인 유전자 발현 분석을 뛰어 넘어 Cell populations, Cell type, Cell states 등 세포 별 분석에 기초한 광범위한 연구를 가능케 하고 있으며, 그 적용점은 Tumor heterogenity와 stem cell composition 으로 부터 dissecting neuronal population 까지 다양합니다. Chromium Single Cell Gene Expression Solution은 단일 세포로 부터 complexity library 제작을 위한 최적의 solution과 함께 Turnkey Software를 제공함으로써 어떤 샘플 유형이든 그에 대한 통찰력을 극대화할 수 있습니다.

Identify and characterize rare cell types
Analyze and understand cellular heterogeneity and how this contributes to your biological system
Perform cellular phenotyping with single cell RNA-seq to identify novel targets, biomarkers, and cell types and states without the need for pre-selected targets
Evaluate mRNA and cell surface protein expression profiles within the same cell
Perform high-throughput and high-resolution functional genetic screens in tens of thousands of cells simultaneously
Assess comprehensive gene expression phenotypes for individual CRISPR perturbations

Feature

  • Partition 100 – 80,000+ cells efficiently
  • Superior sensitivity and cell capture rate up to 65%
  • Simple workflow
  • Cell size flexibility, no lower limits
  • Low doublet rates of under 0.9% in 1,000 cells
    Available with Next GEM technology

Workflow

Video

Single Cell Gene Expresstion
Feature Barcoding Technology

Product

Gene Expression Profiling

세포 간 유전자 발현의 다양성을 밝혀 내고 이질적인 샘플에서 희귀한 세포유형을 확인함으로써 세포진화와 질별에 있어 세포의 영향을 특성화 시킴. 최근 제품 업그레이드를 통하여 세포당 unique transcripts의 탐지율 향상 등 민감도가 대폭 향상됨

Feature Barcoding Technology: Cell Surface Protein

CITE-Seq과 REAP-Seq 과 같이 최근 publish된 method를 효과적으로 구현함. 동일한 세포에서 유전자와 세포단백질 발현을 모두 측정하여 protein isoforms 의 확인 및 low abundance transcriopts에 대한 단백질 탐지 , phenotypic specificity 향상 가능

Feature Barcoding Technology: CRISPR Screening

Cellular transcrit와 CRISPR-medicated perturbations 확인이 가능하며. 수백~수만개의 단일세포에서 동시에 high throughput과 과 확장성을 요구하는 functional genetic screen을 위해 활용됨

Single Cell Immune Profiling

Chromium immune profiing solution은 마우스와 인간으로 부터 유래된 수백에서 수만 개의 T 세포 및 B 세포를 cell by cell 수준에서 adaptive immune response와 immune repertoires를 세포적 맥락에서 연구하기 위한 포괄적 접근tool입니다. 여기에  Feature Barcoding 기술을 추가하면, 세포표면 마커와 항원 특이성과 같은 추가적인 세포 판독 정보를 탐지하여 이를 분석할 수 있으므로 immune cell phenotyping을 개선하고 림프구와 표적 세포 사이의 동적 상호 작용을 연구하는 것이 가능합니다.

간단한 워크 플로우만으로 샘플에서 라이브러리 준비, 시퀀싱 및 소프트웨어 분석이 가능하며 T 및 B 세포 다양성, V (D) J 재조합 및 면역 세포 프로파일 링에 대한 다앙한 정보를 생산할 수 있습니다.

Immune profiling과 Feature barcoding solution은 특히 면역학 및 면역 종양학 연구뿐아니라 감염병 연구 등 다양한 연구에 있어 adaptive immune system를 이해를 위한 기술로서 면역분야 연구의 가속화에 기여할 것입니다.

Reveal clonality, diversity, antigen specificity, and cellular context
Assemble and annotate full-length V(D)J gene sequences
Pair α and β chain TCR sequences from individual T cells
Pair heavy and light chain immunoglobulin (Ig) sequences from individual B cells with full isotype resolution
Simultaneously measure TCR, B cell Ig, cell surface protein expression, and 5’ gene expression in the same cells
Link full-length, paired TCR α and β chain sequences with TCR-pMHC specificity
Simultaneously measure cell surface protein expression with gene expression

Feature

  • Partition 100 – 80,000+ cells efficiently
  • Superior sensitivity
  • Simple workflow
  • Cell size flexibility, no lower limits
  • Highest cell capture rates of up to 65%
  • Low doublet rates of under 0.9% in 1,000 cells
  • Available with Next GEM technology

Workflow

Video

Single Cell Immune Profiling
Feature Barcoding Technology

Product

Immune Repertoire & Gene Expression Profiling

By simultaneously characterizing highly diverse repertoires of T-cell and B-cell antigen receptors alongside cellular gene expression, the true complexity of the immune response can be revealed. Use this approach in human or mouse samples to accelerate new insights into the adaptive immune response and beyond.

Feature Barcoding Technology: Cell Surface Protein

Feature Barcoding technology allows you to seamlessly combine cell surface protein expression measurements with immune repertoire and gene expression measurements from the same single cell. Use this to measure both gene and cell surface protein expression in the same cell to identify protein isoforms, detect protein for low abundance transcripts, and further increase phenotypic specificity.

Feature Barcoding Technology: Antigen Specificity

Use Feature Barcoding technology to determine antigen specificity of single T cells with Feature Barcode peptide-MHC multimers to study the dynamic interactions between lymphocytes and antigens. Unveil a new understanding of the adaptive immune response in hundreds to tens of thousands of lymphocytes.

Single Cell CNV

Copy Number Profiling at Single Cell Resolution

Chromium Single Cell CNV 솔루션은 genome heterogeneity에 탐구와 함께 클론의 진화를 이해할 수있는 포괄적이고 확장 가능한 솔루션을 제공합니다. 단일세포 수준에서 disease phathogenesis 의 연구 혹은 neuronal mosaicism을 파악하는데 있어 활용되고 있습니다.

Profiles 100s to 1000s of cells
Accurately calls single cell CNV events at 2 Mb resolution
Detects CNV events down to 100s of Kb on clusters of cells
Demonstrated with cell lines, primary cells, fresh and frozen tissue
Push-button analysis and visualization software

Feature

  • Profiles 100s to 1000s of cells
  • Accurately calls single cell CNV events at 2 Mb resolution
  • Detects CNV events down to 100s of Kb on clusters of cells
  • Demonstrated with cell lines, primary cells, fresh and frozen tissue
  • Push-button analysis and visualization software

Workflow

Video

Analyze Genomes, Cell by Cell

Single Cell ATAC <Chromatin Accessibility>

이제 10X Genomics Chromium 시스템을 통해 Epigenome 정보를 단일세포 단위에서 연구할 수 있습니다. Chromium Single Cell ATAC Seq 을 이용하여 수 만개의 단일세포의 chromatin profiling 정보에 대한 고퀄리티의 동시비교분석이 가능하며, chromatin compaction과 DNA결합 단백질이 어떻게 유전자 발현을 조절하는지에 대한 고해상도 분석에 활용될 수 있습니다.

다른 application과 동일하게 10X Chromium의 Single Cell ATAC 솔루션은 단일 세포의 유전자 조절 네트워크를 정밀 분석하기위한 직관적 인 소프트웨어 및 시각화 도구가 함께 제공되고 있습니다.

Discover cellular heterogeneity stemming from epigenetic variability
Better understand the gene regulatory networks that are upstream of gene expression
Define cell types and states for lineage and developmental program tracing
Accelerate biomarker discovery

Feature

  • Detect open chromatin regions in single cells with enriched signals in Transcription Start Sites (TSS) and regulatory regions
  • Profile 500 to 10,000 nuclei per channel with our scalable, high-throughput solution
  • Recover up to 65% of nuclei loaded on chips
  • Investigate cell lines, primary cells, fresh, and cryopreserved samples with confidence
  • Analyze your single cell epigenetic data with our turnkey analysis software and interactive visualization tools
  • Available with Next GEM technology

Workflow

Video

Single Cell ATAC-seq

Linked-Read Genomics: Genome

Discover what you have been missing

Chromium Genome 은 Linked-Read 기술을 적용한 기술로서 genic p hasing의 난관을 해결할 수 있으며 구조적 변이를 밝혀내거나 및 기존 방식으로 접근이 어려웠던 변종들을 검출하는데 폭 넓게 활용될 수 있습니다.

Feature

  • Long-range information from a short-read Illumina® sequencer
  • High-quality libraries from as little as 1ng of genomic DNA
  • Turn-key analysis pipeline and visualisation tools
  • Call and phase major classes of structural variants (SVs) like deletions, inversions, and translocations, even in genes inaccessible to short-read sequencers.
  • Phase SNVs, indels and SVs across >10Mb haplotype blocks

Workflow

Video

Long-Range Information from Short-Read Sequencing Data

Linked-Read Genomics: Exome

Reach Beyond the Standard Exome

Chromium Exome 은 phasing, structural vaiant detection 과 copy number 결정에 효과적으로 활용될 수 있는 long range informatio을 제공합니다. 특히 전통적인 short-read sequencing에서 얻기 어려운 low complexity 부분이나 repetitive 구간에 대한 연구에 유용하게 활용됩니다.

Feature

  • High-quality libraries from only 1ng of genomic DNA
  • Detect large scale structural variants (SVs) including gene fusions
  • Call and phase variants across the entire exome
  • Detect variants in genes inaccessible to standard short-read libraries
  • Useful for high sequence homology, including problematic duplications, inversions and pseudogenes
  • Optimsed baits utilise Linked-Reads for intron-spanning

Workflow

Linked-Read Genomics: De Novo

Supernova assembly를 활용한 True diploid assembly

10X Genomics에서 제공하는 Supernova Assembler를 통해 합리적인 비용 으로 True Genome을 완성할 수 있습니다. 특히 Reference sequence없이도 샘플 특이적인 시퀀스를 해독하거나 diploid 게놈구조 를 연구할 때 적합한 기술입니다.

Feature

  • True diploid assembly unlike other methods
  • Fast and simple de novo assembly workflow
  • Go from sample to assembly in <2 weeks
  • 10Mb scaffold size and long range accuracy
  • High-quality assembly from as little as 1ng of DNA
  • Validated and supported for human genomes

Workflow

Spatial Gene Expression Profiling(VISIUM)

10X Genomics를 통해 제공되는 Spatial Transcriptomics(Visium) 은 Tissue의 morphological context 상에서 수행되는 세포 유전체 발현 기술이며, 한번의 실험으로 intact한 Tissue section의 전체 부위를 대상으로 High-throughput mRNA sequencing 분석하는 목적에 최적화된 최신 기술입니다.

Video

Long-Range Information from Short-Read Sequencing Data
다온비에스는 당신의 연구에 적합한 솔루션을 제공합니다.