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Smarter way for the Best 2020.02.20
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WOLF의 gentle sorting으로 높은 viability의 cell을 이용해 Single Cell RNA Assay를 진행해보세요.

Single cell RNA sequencing은 rare cell population, microbial population, cancer mutation과 같은 많은 새로운 발견을 이끌어냈습니다.
NanoCellect사의 WOLF Cell Sorter 및 N1 Single Cell Dispenser는 이러한 여러 RNA sequencing 플랫폼과 호환되는 새로운 Microfluidic 기반 cell sorter입니다.
2psi 미만의 압력으로 cell을 sorting하는 WOLF는 cell에 최소한의 stress를 주면서 gentle하게 sorting하기 때문에 다른 일반적인 cell sorter보다 cell의 viability가 유지되며, gene expression의 변화를 방지할 수 있습니다.
여기에 N1 single cell dispenser를 연결한다면, 1~100개의 cell을 각각 96 또는 384 PCR plate에 분주하여 Single cell RNA library를 제작할 수 있습니다.
이번 Newsletter에서는 WOLF를 이용한 Single cell RNA assay의 두 가지 방법에 대해서 알려드립니다.
제품에 대한 상세 내용이 궁금하시면 http://www.daonbs.com/Product/NanoCellect에서 확인 가능합니다.

뉴스레터의 자세한 내용은 아래 링크에서 확인할 수 있습니다.
https://nanocellect.com/.../2019/11/T007-10x-Genomics-App.pdf
https://nanocellect.com/.../2019/11/2019-CYTO-NanoCellect-QIAGEN-Poster.pdf
Bulk cell sorting for 10x Genomics assays
NanoCellect사에서는 WOLF cell sorter가 Single cell RNA assay 중 하나인 10x의 Single Cell Gene Expression Solution에 대해 호환성 실험을 진행하였습니다.
Target cell population은 WOLF를 이용하여 isolation 되었고, Chromium controller에 loading되었습니다.
이후 Chromium system에서 그림1과 같이 각각의 single cell에 barcode를 부여하여 emulsion을 만들고 cDNA 합성을 진행하였고 library를 제작하여 sequencing을 진행하였습니다.
분석에 필요한 총 cell 수는 사용자가 결정해야 하지만, 10x Genomics는 Single Cell Gene Expression을 진행하기 위해서 90% 이상의 viable을 가지며 700~1200cells/uL의 농도의 cell을 사용할 것을 추천하고 있습니다.
결과적으로 Single Cell Gene Expression kit는 500~10,000개의 cell을 profiling하기 위해서 reaction당 2.5 ~ 15ul의 cell을 사용하도록 디자인 되어있습니다.
WOLF를 이용하여 원하는 cell을 isolation한 후에는 30분 이내에 Chromium chip에 loading 하여야 cell clump나 death를 방지할 수 있습니다. 각 chip은 8개의 reactions/samples을 한번에 진행할 수 있습니다.
결과적으로 target cell population을 isolation하여 chromium system을 이용하기 위해서는 cell의 viability를 최상의 상태로 유지하는 것이 중요하기 때문에, gentle type의 WOLF cell sorter를 사용하는 것을 추천합니다.

그림 1 WOLF to Chromium Controller Workflow
Sorting into 96-well plates for QIAGEN scRNA-seq kits
WOLF는 single cell RNA assay 중 또 다른 하나인 QIAGEN의 QIAseq RNA library prep kit와 호환됩니다.
WOLF Cell Sorter와 QIAseq Kit를 같이 적용하면 single cell을 cell lysis buffer가 미리 loading이 된 PCR plate에 dispensing할 수 있습니다. 결과적으로 QIAseq UPX 3' Transcriptom Kit 또는 QIAseq FX Single Cell RNA Library Kit에 대해 추가적인 작업없이 cell sorting부터 single cell library preparation까지 바로 진행할 수 있습니다. (그림 2 참고)
QIAseq UPX 3' Transcriptom Kit는 간단한 workflow로 1 ~ 100개의 cell의 library를 제작할 수 있습니다. Cell은 3uL의 Cell Lysis Premix가 미리 분주 되어있는 PCR plate에 약 7uL씩 dispensing됩니다. 그런 다음 UMI(Unique Molecular Index)와 well-specific cell ID (최대 384 wells)를 사용하여 모든 cDNA를 하나의 튜브로 pooling하여 sequencing할 수 있습니다.
QIAseq FX Single Cell Library Kit는 고도의 정확성과 deep한 분석이 필요한 library를 제작하기에 알맞은 제품입니다. 이 키트는 PCR free workflow로 1-1000개의 cell의 library를 제작할 수 있습니다. 이 kit는 4uL의 Cell Lysis buffer를 미리 분주한 PCR plate를 필요로 하며, 각 well에 최대 7 uL의 cell이 dispensing 됩니다. 그런 다음 reverse transcription과정이 진행되고 library를 제작하게 됩니다. 마지막으로 adapter barcode를 추가하여 sample을 multiplexing하고 sequencing을 진행합니다.
결과적으로 Qiagen의 Single cell RNA assay에 적용할 viable한 cell을 single cell로 dispensing하기 위해서는 gentle type의 WOLF sorter와 N1 single cell dispenser 사용하시는 것을 추천합니다.

그림 2 WOLF to QIAseq scRNA-Sequencing Workflow

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