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유전자 발현 정보를 형태학적 맥락과 함께 평가하는 것은 생물학과 질병의 진행을 이해하는데 중요합니다. 복잡하고 이질적인 조직을 high-throughput 방식으로 분석하는 것은 어려운 과제였으며, 특히 유전자 발현에 대한 사전 생성된 가정 없이 이를 수행하는 것은 더욱 어려웠습니다.10x Genomics에서 양일간 진행하는 Spatial Webinar Series에서는 Visium Spatial 제품을 사용하여 H&E 또는 면역 형광 염색된 fresh frozen 또는 FFPE 조직 절편의 전사체를 분석하는 방법을 소개해 드릴 예정입니다. 또한 공간 분석 방법, 샘플 처리 방법, 데이터 분석 워크플로우에 대한 정보를 얻을 수 있습니다.●   11월 1일: 공간 분석 - 실험 설계, 분석 및 모범 사례●   11월 2일: 공간 데이터 분석 - QC에서 시각화까지의 워크플로우Speakers    Ivonne Petermann, PhDSenior Science and Technology Advisor, ANZ10x Genomics    Quy Xiao Xuan Lin, PhDSenior Scientist, Applied Bioinformatics10x Genomics

"대장암 TME에 대한 혁신적인 연구 사례 발표” 대장암(CRC)은 전 세계에서 세 번째로 발병률이 높은 암 종류로, 그에 대한 연구의 중요성은 더욱 커지고 있습니다. 종양 미세환경(TME) 내에서 암 세포와 그 이웃 세포들 간의 복잡한 상호 작용은 질병 진행과 예후에 큰 영향을 미칩니다. 이번 한국유전체학회 런천세미나에서 다온비에스(10x Genomics 한국대리점)는 Genome Institute of Singapore에 계신 Li Bo 박사를 초청하여 새로운 기법으로 대장암의 TME를 분석한 연구 결과를 소개해 드릴 예정입니다. 일찍이 Li Bo 박사 연구팀은 CRC TME를 이해하기 위해 단일세포 RNA 시퀀싱과 공간 오믹스 기술을 결합하는 등 다각적인 접근 방식을 채택했습니다. 단일 세포 RNA 시퀀싱을 사용하여 CRC TME에 존재하는 모든 주요 세포 유형을 포괄적으로 특성화하고 획득한 지식을 활용하여 이러한 관심 있는 세포 유형의 공간적 위치와 종양 구조 내에서의 상호 작용을 조사하기 위해 10x Xenium In Situ Analyzer를 사용했습니다.  이번 런천 세미나를 통해 CRC 종양 생물학에 대한 이해와 CRC에 대한 새로운 표적 치료 개발에 통찰력을 얻으시는 기회가 되시기 바랍니다. 관심 있으신 분들의 많은 참여 바랍니다. Speaker   Li Bo, PhD. Senior Research FellowLaboratory of Systems Biology & Data Analytics, Genome institute of Singapore Colorectal cancer (CRC) is the third most common cancer in the world. Within the tumor microenvironment (TME), cancer cells are surrounded by diverse cell types including cancer-associated fibroblasts (CAFs) and immune cells. These neighboring cells can have a profound effect on prognosis and disease progression by providing local signals that impact tumor growth and metastasis. Prior work in the lab has identified via single cell RNA sequencing novel subtypes of cancer epithelial cells and enrichment of specific CAFs within the CRC TME. However, the locations and signaling interactions of these cells within the tumors remain poorly understood due to the loss of spatial information. In this study, we adopt a multi-facet approach to try to understand the CRC TME by utilizing a combination of single cell RNA sequencing and spatial omics technology. We first comprehensively characterized all the major cell types present in the CRC TME using single cell RNA sequencing, and with the knowledge gained, we set out to investigate the spatial localization of these cell types of interests and their interactions within the tumor architecture using the 10x Xenium Analyzer.  From the pilot xenium dataset we have generated so far, we were able to recapture most if not all of the major cell types from single cell RNA sequencing, Importantly, we identified subtypes of cancer epithelial cells that occupy unique spatial niches within and across tumor crypts. We also observed an enrichment of CAFs and immune cell populations at the tumor invasive margin. Further study of these cancer epithelial, CAF and immune subtypes and their spatial interactions may reveal new insights into CRC tumor biology and assist in the development of targeted therapies for CRC. 

단일세포 유전체 연구에서 시퀀싱 데이터의 품질은 중요한 요소 중 하나입니다. 세포나 조직 등의 샘플 상태가 좋지 못할 경우, 전체 유전자 발현 프로파일 분석에 부정확한 결과를 초래합니다. NanoCellect의 WOLF Cell Sorter를 사용하여 단일세포 시퀀싱 전에 유효한 세포 샘플을 쉽게 분리해 낼 수 있습니다. 죽은 세포나 debris를 제거해 줌으로써 시간과 비용을 절약할 수 있습니다. 온화한 세포 분리 기술을 사용하여 샘플 품질을 높임으로써, 유전체 시퀀싱 분석을 성공적으로 수행할 수 있습니다. 특히, 이번 웨비나에서는 다음과 같은 내용을 다룰 예정입니다.  The crucial role of cell viability for sequencing data readout WOLF Cell Sorter capabilities for targeted isolation of viable cellsReal-world applications in genomics workflows  Speaker    Micayla GeorgeLab Research Associate at NanoCellect Micayla earned her Bachelor’s degree in Molecular Biology from Pomona College in California. She previously worked as a research assistant at the Ragon Institute of Mass General, MIT, and Harvard on projects in the single cell genomics and immunology spaces. As a lab research associate at NanoCellect, she works as a part of the Applications Team on the continued development of gentle cell sorting technologies.

AEpiA Epigenetics Seminar Australian Epigenetics Alliance Group에서 주관하는 웨비나를 소개합니다. AEpiA 후성유전체 세미나는 후성유전체에 관한 최신 연구 내용을 소개하고 토론하는 자리이며, 3D 게놈 구조 분석 솔루션을 취급하는 Cantata Bio에서 후원하고 있습니다. 이번 웨비나에서는 구조적 변이가 염색질 구조에 어떻게 영향을 미치고 질병에 어떤 영향을 끼치는지에 대해 소개해 드릴 예정입니다. 관심 있으신 분들의 참여바랍니다. Speaker     Dr Kennerson is a Professor of Neurogenetics/Neurosciences with the ANZAC Research Institute, Sydney Local Health District (SLHD) and the School of Medical Sciences, University of Sydney, Australia. She heads the Translational Gene Discovery and Functional Genomics Inherited Peripheral Neuropathies Program at the ANZAC Research Institute. Her team has discovered several neuropathy genes and is doing pioneering research to investigate the role of structural variation and its role in new disease mechanisms for hereditary neuropathies. Her research program includes functional studies for recent gene (ATP7A and PDK3) and SV mutation (CMTX3 and DHMN1) discoveries using induced pluripotent stem cell derived motor neurons and animal models (C. elegans). Marina is a board member of the Charcot-Marie-Tooth and Related Neuropathies Consortium (CMTR), Chair of the Asian Oceanic Inherited Neuropathy Consortium (AOINC) serves on the Scientific Advisory Board of the CMT Research Foundation, USA and is Deputy Director (Research) of the SLHD Institute of Precision Medicine and Bioinformatics.   AEpiA는 호주, 뉴질랜드 및 기타 11개국의 연구자들로 구성된 커뮤니티이며, 600여명이 속해 있습니다. 이 단체 회원들은 DNA 메틸화, 히스톤 변형, miRNA, 염색질 확인, 발달 생물학, 노화, 진화, 농업 과학 및 의학 연구를 포함하여 후성유전학적 조절 및 생물학의 다양한 연구에 관심을 갖고 있습니다. AEpiA는 매달 온라인으로 세미나를 개최하여, 후생유전학 연구 분야의 국제 리더와 호주 과학자들이 참여하고 있습니다. 

단일세포 분석은 복잡한 조직 유형, 희귀세포군, 유전자 간의 조절 관계를 규명할 수 있는 강력한 기술입니다.​이번 웨비나는 10x Genomics에서 지난 8월 10일과 11일 양일간 개최한 "Single Cell for Beginners" 웨비나 내용을 기반하여, 단일세포 분석 연구를 시작하는 분들께 실험 전반에 관해 소개해 드리기 위해 기획된 행사입니다. 단일 세포 분석을 위한 실험 설계의 핵심 고려 사항부터 시작하여, 성공적인 단일세포 유전자 발현 분석 위한 샘플 준비 과정 및 단일세포 분석 방법, 데이터 분석 파이프라인 등을 소개해 드릴 예정입니다. ​단일세포 시퀀싱(Single cell RNAseq)은 기존의 bulk 유전자 발현 분석 방식을 넘어서, 개별 세포의 유전자 발현을 상세히 분석하여 세포의 다양성과 유전자들의 복잡한 조절 관계를 밝혀낼 수 있습니다. 단일세포 분석에 관하여 관심 있으신 분들의 많은 참여 바랍니다.세션1: What is single cell - assay, experimental design, best practice세션2: Single cell data analysis workflow from QC to visualization연자 소개    유지숙(주)다온비에스 / Field Application Specialist    손승한(주)다온비에스 / Field Application Specialist