10x-pert Data Analysis Workshop 2025
Single-cell 데이터 분석 워크샵: COVID-19 중증도 관련 유전자 시그니처 탐색
[긴급안내] 워크샵 장소 변경: 가톨릭대학교 옴니버스파크 1층 TBL 1실
단일세포 데이터 분석은 다양한 세포의 유전자 발현 정보를 정밀하게 해석하기 위한 과정으로, 여러 단계의 분석 절차와 도구가 요구됩니다. 본 워크샵에서는 공개된 COVID-19 PBMC 데이터를 활용하여 단일세포 분석의 전 과정을 함께 실습할 예정입니다. 주요 분석 단계에는 원시 데이터 전처리, 샘플 디멀티플렉싱, doublet 제거 및 품질 관리, 배치 효과 보정과 통합, 자동 세포 주석, 그리고 다중 샘플 간의 발현 차이 분석 등이 포함됩니다.
초기 데이터 처리는 10x Genomics의 웹 기반 분석 도구인 10x Cloud Analysis를 활용하여 Cell Ranger 기반으로 진행하며, 이후 단계에서는 10x 및 커뮤니티에서 개발한 다양한 분석 툴을 함께 사용하여 각 분석 알고리즘에 익숙해질 수 있도록 구성하였습니다.
이러한 일련의 분석을 통해 COVID-19 중증도와 연관된 세포 유형별 유전자 시그니처를 규명해볼 수 있으며, 본 워크샵은 단일세포 분석을 처음 접하시는 연구자분들도 쉽게 따라올 수 있도록 설계되었습니다. 관심 있으신 분들의 많은 참여 바랍니다.
워크샵 개요
- 일시: 2025년 7월 16일 (수), 12:30-17:30 pm
- 장소: 가톨릭대학교 옴니버스파크 1층 TBL 1실
- 인원: 30명 (선착순 마감, 연구실당 2명으로 제한)
- 참가자 혜택: 다과 및 음료 제공
- 후원: 가톨릭대학교 다형성연구소, BK21, 기초의학사업추진단
강사 소개
 |
Quy Xiao Xuan Lin, PhD Senior Scientist, Applied Bioinformatics 10x Genomics |
프로그램
12:30 - 13:00pm: |
Registration |
13:00 - 13:15pm: |
Introduction |
13:15 - 14:00pm: |
Raw data preprocessing using 10x Cloud |
14:00 - 14:20pm: |
Data quality assessment |
14:20 - 14:30pm: |
Break |
14:30 - 15:00pm: |
Single cell data analysis flow and automatic cell annotation |
15:00 - 15:30pm: |
Practice session I |
15:30 - 15:40pm: |
Break |
15:40 - 16:30pm: |
Data integration and practice session II |
16:30 - 17:00pm: |
Multi-sample differential expression analysis and practice session III |
17:00 - 17:30pm: |
Q&A |
요구사항
본 교육과정은 10x Genomics의 단일세포 유전자 발현(Chromium Single Cell Gene expression) 분석 솔루션을 이미 사용 중이거나, 향후 도입을 고려 중인 연구자분들을 대상으로 합니다.
Google Colab을 활용한 실습이 포함되어 있으므로, 구글 계정을 반드시 준비해 주시기 바랍니다.
※ 개인 노트북을 지참하여 참여하실 경우, 아래 컴퓨터 요구 사양을 충족해야 하며, 실습에 사용할 관련 dataset 다운로드와 Loupe Browser를 사전에 필히 설치해 주시길 바랍니다.
- Loupe Browser 설치 가이드 및 다운로드
- Single-cell_workshop_materials.zip
- Single-Cell_Data_Cloupe file
(1) Windows
- Windows 10 (64-bit) or later
- 16GB RAM
- SSD storage highly recommended
- Updated video/display drivers recommended
- 100% scaling display setting recommended
(2) mac OS
- macOS 10.15 (Catalina) or later
- 16GB RAM
- SSD storage highly recommended
- Default display settings recommended
서울 워크샵 후원 
※ Visium HD 데이터 분석 워크샵(대전) 참여를 원하시는 분은 아래 배너를 클릭해 신청해 주십시오.
2025-07-16
가톨릭대학교 옴니버스파크 1층 TBL 1실
12:30 - 17:30
