제품 특징
- Sequence에 상관없이 진행되는 chromatin 단편화로 genome 전체의 chromatin까지 검출 가능 (제한효소 기반의 Hi-C 접근법을 사용할 경우, ~20% genome은 검출이 어려움)
- Nucleosome 단위 수준의 높은 해상도로chromatin contact 검출 가능
- 장거리 상의 genome 정보와 nucleosome에 의해 가려진 genome 정보를 높은 signal로 확인 가능
Library Enrichment
MNase 효소는 sequence에 관계없이 내부가수분해효소 및 외부가수분해효소 활성을 모두 갖고 있기에, 이 효소에 의해 생성된 단편은 nucleosome 길이 (146 bp)입니다. 실험과정 상의 proximity ligation 부분은 장거리 상호작용을 최대한 검출할 수 있도록 최적화 시켰습니다. 그 결과 매우 균일하고 짧게 만들어진 단편들은 chromatin contact 정보를 이론적으로 해상도가 가장 높은 nucleosome 수준으로 가능하게 하였습니다.
Topological 특성 검출능 향상
Proximity ligation 결과에서 chromatin의 loop와 같은 고차원 특징을 탐지하기 위한 능력은 chromatin 상호작용 빈도를 캡쳐하여 장거리 정보 판독을 풍부하게 하는데 달려 있습니다. Chromosome 구조 정보를 높은 해상도로 더 많이 확인할 수 있으며, 제한효소 기반 방법에 비해 loop 검출 능력이 더 높습니다.
3D Data at a Fraction of the Sequencing Cost
Proximity ligation 데이터에서 크로마틴 루프와 같은 고차원적인 특징(higher-order features)을 검출하는 것은 크로마틴 상호 작용 빈도를 포착하기 위해 장거리 정보가 풍부한 리드 확보에 달려 있습니다. Dovetail Micro-C 키트는 제한효소 기반의 Hi-C 방법에서 필요한 120-160 억 개의 리드 대비 80 억 개의 리드만으로 1 kb matrices를 얻을 수 있습니다
