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Watchmaker DNA Library Prep Kit with Fragmentation

Watchmaker DNA Library Prep Kits with Fragmentation은 극도로 민감한 임상 및 중개 연구(clinical & translational research)에서 ultra-low input 및 FFPE 조직을 포함한 다양한 생물학적 샘플을 분석할 수 있도록 설계된 고정확도, 고확장성 솔루션입니다.
이 워크플로우는 효소를 이용한 절편화(enzymatic fragmentation)의 장점을 극대화하여 자동화가 용이하고, 확장성이 뛰어나며, low-input 샘플을 보다 효과적으로 보존할 수 있습니다. 또한, 잘못된 키메라 리드(false chimeric reads) 및 hairpin artifacts와 같은 라이브러리 준비 과정에서 발생할 수 있는 오류를 최소화하여 변이 분석의 신뢰도를 높입니다.
추가적으로, Equinox® polymerase를 적용하여 ultra-high-fidelity, low-bias 라이브러리 증폭을 지원하며, 희귀 변이 검출의 민감도를 극대화합니다.

제품설명

제품 특징
  • 시퀀싱 artifact 최대 90% 감소 → 고민감도 연구에서 실험 정확도 향상
  • 개선된 라이브러리 증폭 효율 → 낮은 polymerase error-rate 및 균일한 UMI 패밀리 커버리지로 희귀 변이 검출 가능
  • 임상적 유의성이 높은 샘플 유형 지원 → low-input 및 분해된 샘플(FFPE 포함)에서도 안정적인 라이브러리 구축
  • 고도로 조정 가능한 절편화 기술 → 넓은 샘플 범위(<1 ng ~ 500 ng)에서 일관된 라이브러리 크기 유지
  • 90분 이내 PCR-Free 라이브러리 구축 가능 → 대량 샘플 처리 및 자동화 시스템과 쉽게 확장 가능
  • 균일한 시퀀싱 커버리지 제공 → 시퀀싱 효율성 및 데이터 품질 향상

◎ Applications
  • Somatic mutation calling and other low-frequency variant detection NGS assays, including those utilizing challenging samples such as FFPE
  • Inherited disease sequencing
  • Human whole genome sequencing (WGS), including PCR-free
  • Whole exome sequencing (WES)
  • Single cell analysis
  • Metagenomic analysis
  • Bulk RNA sequencing (using cDNA as input)
  • Viral genome sequencing
  • Microbial WGS

◎ Workflows
Figure 1. Simplified and easily automated workflow. The Watchmaker DNA Library Prep Kit with Fragmentation simplifies library construction by using combined enzymatic steps (FRAG/AT) and a ready-to-use ligation master mix to reduce hands-on time compared to a widely used enzymatic fragmentation kit (Supplier A). The Watchmaker kit was designed with automation in mind with generous overages to ensure sufficient fill volumes for automated library preparation.

◎ 주요 성능 결과

시퀀싱 artifact 감소로 높은 민감도 연구 지원

 

Watchmaker DNA Library Prep Kit with Fragmentation은 자동화가 어려운 sonication 기반 절편화의 문제를 해결하면서도, 효소적 절편화 과정에서 발생할 수 있는 잘못된 키메라 리드(false chimeric reads) 및 hairpin artifact로 인한 가짜 단일 염기 변이(false SNVs) 형성을 최소화합니다.

이러한 개선을 통해 진짜 구조 변이(structural variants)와 단일 염기 변이(SNVs)를 더욱 정확하게 분석할 수 있으며, 특히 저빈도 변이 검출과 같은 고민감도 연구에서 신뢰성을 높입니다.

  

Ultra-high fidelity 증폭으로 분석 정확도 향상

 

Equinox® Library Amplification Master Mix는 자체 개발된 초고정확도 교정(polymerase proofreading) polymerase를 포함하여, 기존 고정확도 PCR HotStart DNA Polymerase 대비 polymerase 오류율을 40% 감소시킵니다. 이로 인해 전반적인 오류율을 낮추고, 가짜 변이(false variant call)를 줄여 희귀 변이 검출의 신뢰도를 극대화합니다. 

 

특히, C>T 치환 오류의 현저한 감소는 암 연구에서 중요한 요소입니다.

C>T 변이는 메틸화된 사이토신의 자연적 탈아민화로 인한 돌연변이 형태로, 암과 관련된 가장 흔한 변이 중 하나이므로, 이 오류를 줄이면 종양 유전체 분석의 정확도가 크게 향상됩니다.

  

임상 샘플 분석을 위한 강력한 성능

 

전통적으로 임상 연구에서 활용되는 low-input 및 손상된 샘플(예: FFPE 샘플)은 재현성이 낮고 처리하기 어려웠습니다. 특히, 극미량 샘플을 다룰 경우, sonication 기반 절편화로 인한 샘플 손실이 문제가 될 수 있습니다.

Watchmaker DNA Library Prep Kit with Fragmentation은 ultra-low input 및 저품질 샘플에서도 높은 품질의 라이브러리를 구축하며, adapter-dimer 오염을 최소화하여 더 신뢰할 수 있는 생물학적 해석을 도출할 수 있도록 지원합니다.

  

조정 가능한 절편화로 다양한 연구에 활용 가능

 

본 키트는 반응 시간과 온도를 조절하여 DNA 절편화 정도를 정밀하게 조정할 수 있어, 다양한 연구 및 시퀀싱 리드 길이에 유연하게 대응할 수 있습니다. 이를 통해 다양한 연구 환경에서 안정적인 워크플로우를 구현할 수 있습니다.

 

주문정보

Watchmaker DNA Library Prep Kit with Fragmentation

 

 Description

 24 rxn

 96 rxn

Watchmaker DNA Library Prep Kit with Fragmentation

incl. Equinox Library Amplification Master Mix (2X) and P5/P7 Primer Mix (10X)

 7K0019-024

 7K0019-096

Watchmaker DNA Library Prep Kit with Fragmentation (PCR-free)

 7K0013-024

 7K0013-096

Watchmaker DNA Library Prep Kit with Fragmentation

(w/o primers); incl. Equinox Library Amplification Master Mix (2X)

 7K0022-024

 7K0022-096

Literature

  • Watchmaker DNA Library Prep Kit with Fragmentation Brochure

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  • Enzymatic fragmentation enables scalable preparation of high-quality FFPE libraries with minimal artifacts

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